农村房屋确权证应该到房管局办理。具体流程如下：
1、农村房屋所有人向村委会提出申请，并按照规定递交土地使用权证书、规划许可证，交由村委会进行审核；
2、村干部及其他村委会成员根据农民的申请情况进行核查，属实的签字盖章并递交给乡；
3、乡镇部门会安排相关工作人员去实地查看，看看当事人的房子是不是符合相关的规定，宅基地的大小是不是在规定范围内，审核无误的情况下签字，交给县规划局；
4、县规划局会审核农村房屋所使用的宅基地是不是符合乡镇发展要求，符合要求的审核通过；
5、最后当事人拿着相关审核，去当地的房管局办理不动产登记，即农村房屋产权证，并缴纳相应的费用。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第十一条
农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。
